Caracterización molecular de un aislado mexicano del virus de la meleira de la papaya / Emily Zamudio Moreno

Tesis (Doctorado en Ciencias Biológicas : Opción Bioquímica y Biología Molecular) .-- Centro de Investigación Científica de Yucatán, 2014.

La papaya (Carica papaya L.) es un cultivo económicamente importante para México, ya que su comercialización a nivel nacional e internacional constituye un ingreso determinante en la productividad agropecuaria del país. Sin embargo este cultivo es muy susceptible a enfermedades virales que limitan su producción. Entre las principales enfermedades están las causadas por; el Virus de la mancha anular de la papaya (PRSV), Virus del amarillamiento letal de la papaya (PL YV) Y el Virus de la Meleira de la papaya (PMeV). La Meleira de la papaya se conoce en Brasil desde la década de los ochentas, pero no fue hasta 1993 que se demostró que, PMeV está formado de ARN de doble hebra (ARNcd) y posee partículas virales isométricas de 50 nm. Durante 2009, el laboratorio GeMBio del Centro de Investigación Científica de Yucatán detectó síntomas similares a la Meleira de la papaya en plantaciones de Quintana Roa (QR), Yucatán y Campeche. Sin embargo, el método de diagnóstico que se utilizó consistió en la detección de una banda de 12 kb del ARN viral en geles de agarosa. Como éste método no se basa en la secuencia viral, no permite diferenciar virus distintos que contengan genomas del mismo tamaño, tampoco es suficientemente sensible, pues solo permite la detección del virus en látex de frutos y no en otros tejidos vegetativos o en etapas tempranas de la infección. El objetivo de este trabajo fue caracterizar molecularmente y desarrollar un método de diagnóstico para el aislado mexicano del PMeV. Para ello se construyó una mini-biblioteca de ADNc a partir de ARN total extraído de látex de frutos. Se obtuvo un contig de 4285 pb que contiene dos marcos de lectura; el ORF1 codifica una proteína de 321 aas y el ORF2 una de 401 aas, que presentan similitud a proteínas hipotéticas y a una ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp), respectivamente. En un análisis in silico del ORF2 se encontraron los 8 dominios conservados de las RdRp de virus de genomas con genoma de ARN de cadena sencilla. La secuencia del ORF2 también se encontró en una muestra de PMeV de Brasil, por tanto sugerimos que la enfermedad encontrada en México también es causada por el PMeV. Utilizando la secuencia nucleotídica del ORF2 se desarrolló un método de diagnóstico por RT-PCR, se diseñaron seis cebadores que amplifican fragmentos de entre 173 y 1118 pb, que permitieron detectar al virus en diferentes órganos de la planta de papaya, incluyendo; hojas, flores y semillas. Los resultados de este trabajo permiten sentar las bases para experimentos futuros de transmisión del virus, asi como para su clasificación.