Genómica computacional de la distribución y organización de las quitina-sintasas en hongos / José Ramón Pacheco Arjona

Tesis (Doctorado en Ciencias Biológicas : Opción Biotecnología) .-- Centro de Investigación Científica de Yucatán, 2014.

Los hongos son un grupo amplio de diversos organismos eucariontes. La mayorla son saprófitos, sin embargo existen patógenos de humanos, animales y plantas. Dos de sus caracterlsticas principales son que sus paredes celulares contienen quitina y que no poseen clorofila. El componente responsable de la rigidez de la pared celular es la quitina, producto de la quitina-sintasa (Chsp). Existen siete clases de genes quitina-sintasa (CHS) y su cantidad y tipo varia considerablemente de una especie a otra. Los análisis existentes de secuencias Chsp (traducidas de genes CHS) se enfocan a estudiarlos individualmente, sin considerar su contexto genómico. La identificación de bloques de genes conservados entre genomas que contengan CHS, puede proporcionar pistas importantes sobre la función y localización de las quitina-sintasa y de los genes que se encuentran en sus linderos. Estudios filogenéticos diversos de Chsp presentaron diferencias en el parentesco entre clados. Sin embargo, esta diferencia no afectó la consistencia en la agrupación de secuencias Chsp. En el presente trabajo se identificaron patrones en la distribución de Chsp relacionados con la taxonomla de las especies. El más destacado se relaciona con el tipo de crecimiento de los hongos. Se encontró que existe sintenia entre bloques de genes centrados en Chsp, observándose re-arreglos en los bloques de Neurospora crassa y Sc/erotinia sclerotiorum. Se localizaron dos bloques repetidos en el genoma de Postia placenta dando soporte a teorla de que la duplicación en tándem contribuye a la evolución de otras clases de elementos funcionales como los exones. Algunos genes CHS cercanos (seleccionados de la clasificación de ChsplV) forman parte de bloques sinténicos, compuestos por genes relacionados funcionalmente. Los bloques sinténicos no se extienden a todas las Chsp relacionadas.