Caracterización de la biodiversidad de microalgas mediante la técnica PCR-RFLP del gen 18S y 23S en cenotes de la zona norte de Quintana Roo [recurso electrónico] / Jesús Alejandro Uc Kuyoc

Tesis (I.B.) .-- Universidad Politécnica de Quintana Roo, 2014.

Las técnicas moleculares han tenido un gran avance, donde muchas áreas de interés se han beneficiado para desarrollar métodos nuevos y así poder tener resultados más precisos. Entre esas herramientas nuevas, las técnicas basadas en la amplificación de los ácidos nucleídos como la PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) proporcionan una estrategia rápida y sensible para la detección de diferentes microorganismos. El objetivo principal de este trabajo fue explorar la diversidad de la comunidad de microalgas presentes en cenotes de la zona norte del estado mediante la técnica PCR-RFLP, método que combina la PCR con una digestión con enzimas de restricción. El desarrollo del proyecto se realizó a partir del ADN genómico extraído de diez cenotes localizados en la zona norte de Quintana Roo. Posteriormente, se realizaron las amplificaciones por PCR con cebadores específicos para tres grupos: Bacillariophyta, Chlorophyta y Cianobacteria. Los fragmentos de los genes 18S y 23S, fueron digeridos con varias enzimas de restricción y éstos fueron corridos en geles de agarosa para detectar fragmentos polimórficos como una estimación de la variación entre las comunidades de microalgas estudiadas. En la primera etapa se realizaron las amplificaciones, usando cebadores recomendados según la bibliografía (Valiente et al., 2009, Sherwood, L.Chan, & G. Presting, 2008) tomando como base los resultados que se han obtenido tras su uso. Se realizaron varias diluciones del ADN total con el fin de preparar las muestras para la amplificación. Para el proceso del corte enzimático, se consultaron programas en línea para la selección de las enzimas adecuadas para cada ampliación, todo esto se realizo tomando secuencias de NCBI y otras obtenidas en procesos anteriores. Del grupo de enzimas que cortan los fragmentos, se seleccionaron dos enzimas (AluI para Baci, EcoRI para 23Sy HindIII para 23S) y se procedió a realizar las digestiones enzimáticas. Las digestiones fueron corridas en un gel de agarosa al 2 por ciento, para observar los sitios cortados y determinar las diferencias y similitudes que podrían tener los diferentes sitios de estudio. Con base en los fragmentos polimórficos se construyó una matriz de datos (presencia / ausencia) para realizar los dendogramas y determinar la agrupación de las comunidades observadas por cada sitio de muestreo.