Análisis de la diversidad molecular del gen 16S rDNA de Candidatus Liberibacter asiaticus en aislados de cítricos de la Península de Yucatán /
Angélica Moreno Enríquez
- xiii, 134 p. : il. ; 28 cm.
Tesis (Doctorado en Ciencias Biológicas : Opción Bioquímica y Biología Molecular) .-- Centro de Investigación Científica de Yucatán, 2014.
El Huanglongbing (HLB) se considera la enfermedad más destructiva y devastadora de los de cítricos en todo el mundo. Durante muchos años, se encontró confinada a los continentes Asiático y Africano, pero debido a la propagación de injertos infectados, material vegetal sin inspección epidemiológica, así como la rápida dispersión del vector, el HLB se encuentra ya en el continente Americano. En México, la enfermedad fue detectada en la Península de Yucatán en el año 2009, en los árboles sintomáticos se identificó la bacteria endopatógena Candidatus Liberibacter asiaticus asociada a esta enfermedad. En el presente estudio, se analizó la diversidad genética del gen ribosomal 16S de Candidatus L. asiaticus de 75 muestras de árboles Citrus latifolia y Citrus aurantifolia sintomáticos a HLB en la Península de Yucatán. La identificación se realizó mediante la amplificación del gen ribosomal16S por el método PCR convencional así como PCR tiempo real. Los fragmentos amplificados de DNA fueron clonados, 3 plásmidos independientes de cada árbol positivo a HLB fueron sometidos a secuenciación. Finalmente, se obtuvieron 75 secuencias de 1,167 pb las cuales se emplearon para determinar la diversidad genética. Las secuencias fueron sometidas a un análisis comparativo contra secuencias depositadas en la base de datos de NCBI, el Blast reveló un 99 a 100% identidad con Candidatus L. asiaticus reportado en diferentes países. Un alineamiento múltiple mostró 2 grupos de secuencias, el primero con 100% de identidad mientras que el segundo grupo presenta secuencias con diversos sitios polimórficos distribuidos a través de la secuencia del gen. La secuencia consenso del primer grupo fue identificada como el haplotipo H36PENINSULAR el cual se distribuye en toda la península, mientras que del segundo grupo de secuencias se obtuvieron 44 haplotipos los cuales se distribuyen regionalmente en los tres estados de la Península de Yucatán. Un análisis de 95 secuencias obtenidas de NCBI mostró el mismo comportamiento, un grupo integrado por el mayor número de secuencias las cuales presentan 100% de identidad, a este haplotipo se le denomino HLB-CLAS. Un alineamiento entre H36PENINSULAR y HLBCLAS mostró 100% de identidad entre ellas, mientras que en las secuencias variantes se identificaron varios sitios polimórficos. En consecuencia, se sugiere que la secuencia H36PENINSULAR (HLBCLAS) se considere como el principal haplotipo del gen 16S rDNA ya que este muestra la distribución y el dominio mundial de Candidatus L. asiaticus.
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